1、肖春杰、宿兵、郑冰蓉、石宏、胡卫红、俞海菁，2012，基因结构变异与人类进化和疾病发生的分子机制研究，云南省自然科学一等奖。
2、王琦、朱燕波、董静、倪诚、王济、李英帅、张惠敏、肖春杰、钱彦方、高京宏、骆斌、刘艳骄、苏庆民、云玉芬、李玲孺，2011，痰湿体质的系列研究，北京市科学技术奖一等奖。
3、肖春杰、俞海菁、宿兵、何黎、胡卫红、唐文如、徐琳、郑冰蓉、李开源、昝瑞光，2007，基于少数民族DNA库的疾病基因及人群起源的分子遗传研究，云南省自然科学一等奖。
4、肖春杰、文波、宿兵、杨明辉、金力、郑冰蓉、俞海菁、何黎、杨晓霞、李开源、昝瑞光，2005，中国少数民族DNA库的建立及应用研究，云南省自然科学一等奖。
5、金力、卢大儒、宿兵、黄薇、金建中、褚嘉佑、肖春杰，2003，DNA多态性与东亚人群的起源及迁移，教育部自然科学一等奖。
6、肖春杰、杜若甫、邓红英、肖蘅、郝露萍、李开源、郑冰蓉、昝瑞光，2001，云南少数民族基因地理学研究，云南省自然科学二等奖。
7、肖春杰、郝露萍、张卫红、周曾娣、陶永琏, 1995，云南特有少数民族红细胞血型系统的群体遗传学研究，云南省科技进步三等奖。
